实验中心实行校、院和中心的三级垂直管理。为保障中心建设和发展的可持续性，在学校及相关职能部门支持下，实验中心落实制度、队伍、条件等方面的保障机制，并将进一步规范管理，保障中心建设成效。

1、制度保障

在实验室管理方面，学校制定了《鲁东大学实验室安全管理暂行办法》，不断加强实验中心建设工作的指导、检查和监督；在实验室仪器设备管理方面，学校先后制定实施了《鲁东大学大型仪器设备管理办法》《鲁东大学大型仪器设备购置论证管理暂行办法》《实验室与设备管理规章制度汇编》《鲁东大学国有资产管理暂行办法》等一系列规章制度，以确保实验教学的正常开展。

除严格执行学校制定的规章制度外，实验中心在建设过程中制定和不断完善了《实验室工作人员岗位职责》《实验室安全管理制度》等教学实验中心实验室规章制度，将责任落实到个人。每学期末做一次仪器检查、资产清查，学期初再进行仪器设备检查，确保实验课程能正常开展。

2、教学管理

在具体的实验教学和教学质量保证管理方面，中心已经建立了完整的体系。具体包括选聘教师保证质量、集体备课制度、培训上岗制度、巡视督察制度、学期中期评估制度、学生评议制度。